Câu hỏi: Đối với hợp đồng thi công xây dựng công trình thuộc nguồn vốn đầu tư xây dựng cơ bản có giá trị hợp đồng là 5 tỷ đồng; trong đó giá trị cung cấp thiết bị là 2 tỷ đồng và giá trị xây lắp là 3 tỷ đồng thì Kho bạc nơi giao dịch kiểm soát, thanh toán cho nhà thầu thực hiện khấu trừ 2% thuế giá trị gia tăng trên tổng giá trị hợp đồng là 5 tỷ đồng hay 3 tỷ đồng?
Trả lời: Tại Khoản 3, Điều 28 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật Quản lý Thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý Thuế và Nghị định số 83/2013/ NĐ-CP ngày 22/07/2013 của Chính phủ quy định: “KBNN nơi chủ đầu tư mở tài khoản giao dịch có trách nhiệm khấu trừ số thuế giá trị gia tăng để nộp vào ngân sách nhà nước khi chủ đầu tư đến làm thủ tục thanh toán theo tỷ lệ quy định là 2% trên số tiền thanh toán khối lượng các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN, các khoản thanh toán từ nguồn NSNN cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án sử dụng vốn ODA thuộc diện chịu thuế giá trị gia tăng (phần vốn đối ứng trong nước thanh toán tại KBNN cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án ODA).”
Tại Công văn số 5406/NTCTCT ngày 23/04/2015 về việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng theo Thông tư số 156/2013/TTBTC ngày 06/11/2013 và Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn: KBNN không thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với hợp đồng cung cấp thiết bị, hợp đồng tư vấn, khảo sát, thiết kế, lập dự toán, kiểm toán, bảo hiểm không ghi trên cùng với hợp đồng của công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản. Như vậy, đối với hợp đồng thi công xây dựng công trình thuộc nguồn vốn đầu tư xây dựng cơ bản có bao gồm cả hạng mục thiết bị và xây lắp thì KBNN nơi giao dịch sẽ khấu trừ trên tổng số tiền thanh toán khối lượng hoàn thành của toàn bộ công trình, hạng mục công trình trong phạm vi hợp đồng nêu trên.